임나일본부설은 4세기 중엽경 일본열도의 왜가 한반도 남부로 출정해 가야와 그 주변을 정벌한 다음 '임나일본부'라는 통치기관을 설치하였고, 이후 562년까지 한반도 남부를 지배했다는 학설이다. 즉, 일본 관학자들을 중심으로 고대의 왜가 한반도 남부지역을 2세기에 걸쳐 경영하였다고 주장하는 것이다. 이 설의 근거는 『일본서기』에 등장하는 '임나일본부'라는 표현이다. 임나일본부설을 주장하는 논자들은 임나일본부라는 어휘를 임나, 즉 가야를 경영하기 위해 만들어진 일본의 통치기구라고 해석한다.

향후 연구에서는 가야사를 중심에 놓고 연구를 진행할 필요가 있다. 가야 땅에서 벌어졌던 역사를 논하면서 가야를 배제하고 왜나 백제를 중심에 두고 연구하는 것은 역사적 사실 해명에 적합하지 않은 방법론이다.

다행스러운 것은 근래 들어 가야사 관련 연구가 많아졌고, 가야 각지에서 진행된 발굴 조사의 성과가 속속 공개됨에 따라 가야의 발전 과정이 비교적 선명하게 드러나게 되었다는 점이다. 그러한 연구 성과에 따르면 가야는 삼한 소국 단계를 모태로 각자 발전하였는데 4세기까지는 금관가야가, 5~6세기에는 대가야가 각각 맹주적인 지위에 있었음이 해명되었다.

그리고 가야는 신라나 백제와는 달리 집권국가에는 미치지 못한 채 연맹체적 수준에서 완만한 유대관계를 가지고 있었다가 5세기 후반 이후의 대가야 전성기에는 연맹을 넘어 국가 단계로까지 발전하였음을 논하는 연구가 속속 제기되고 있다.

이처럼 가야사의 전개 과정이 제대로 밝혀진다면 당시의 국제 관계가 어느 한쪽의 일방적인 강제로 전개되지 않았으며 다양한 상호작용 속에서 이루어졌음이 밝혀질 수 있을 것이고 자연히 임나일본부설의 허구성이 드러날 수 밖에 없을 것이다.